Todo o processo foi feito pela CNE em segredo e sem qualquer declaração dizendo que tinham sido excluidos votos e por que razão. As mudanças nos resultados só podem ser vistas através de uma comparação cuidadosa do apuramento geral feito pela CNE com as contagens feitas pelas comissões provinciais de eleições. Não foram divulgados dados suficientes para mostrar em que distritos foram feitas mudanças ou quais foram as mesas de votação excluidas. Parece que aconteceram duas coisas como parte da apuramento secundário computerizada. Primeiro, o programa pode rejeitar altas afluências que não são prováveis.
E isto é o que parece ter obrigado às grandes exclusões de Niassa e Tete – embora não seja claro porque razão outras afluências igualmente exageradas, em Gaza, não foram rejeitadas. Mas é conhecido que a CNE numa reunião concordou em rejeitar algumas afluências muito altas. Segundo, o STAE em Maputo parece ter conseguido usar alguns editais que foram enviados para Maputo quando as províncias não conseguiram introduzi-los na base de dados. Isto levou a aumentos de votos na maior parte das províncias, no total de 37,099 votos na corrida presidencial. Algumas variantes, por exemplo nos nulos, nos votos em branco e mesmo no número de eleitores registados, não são fácilmente explicáveis. E não foi dada nenhuma explicação.
