Nesta eleição, a primeira contagem foi feita em cada mesa de voto da qual se retirou um edital. Depois o Secretariado Técnico da Administração Eleitoral, CNE, e as várias comissões de eleições fizeram três diferentes apuramentos para somar estes editais.
A “contagem provisória” forneceu rápidos resultados para a imprensa, mas foi dada preferência à rapidez e nunca se esperou que eles fossem absolutamente exactos. Houve dois apuramentos oficiais que correram em paralelo.
Apuramento 1: No primeiro, uma cópia do edital da mesa de votação foi mandada para a comissão distrital que os somou e cujos resultados mandou para a província, que depois os somou aos outros editais distritais. Estes são os resultados provinciais listados em vários lugares. Foram depois enviados para a Comissão Nacional de Eleições, CNE, e oficialmente são considerados a base do apuramento nacional final.
Apuramento 2: Entretanto, cada mesa de voto mandou também um edital para a província para ser introduzido na “apuramento secundário” computerizada. Os cd-roms com todos os dados foram depois enviados para Maputo. Além disso, editais que o distrito e a provincia não puderam tratar (quase sempre porque a soma estava incorrecta ou continha números impossíveis) foram enviados também para Maputo, onde o STAE tentou corrigi-los e somá-los para a base de dados.
Em Maputo, a CNE avaliou também todos os boletins nulos e os que foram aceites como válidos foram somados. A CNE reviu uma montanha de 515,980 boletins nulos (199 260 presidenciais, 164 398 para a AR, e 152 232 para as assembleias provinciais). O apuramento geral ou contagem nacional divulgado pela CNE, não se baseia no apuramento provincial, mas sim nos dados computerizados da apuramento secundário mais os nulos validados.
