Nasceu em Matalana, distrito de Marracuene, Moçambique a 6 de Junho de 1936. Frequentou a Escola da Missão Suiça em Matalana, onde aprendeu a ler e a escrever em ronga. Encerrada a escola protestante transita para a da Missão católica em Bulázi, onde conclui a terceira classe rudimentar e parte depois para Lourenço-Marques onde arranja emprego como criado de crianças.
Foi “apanhador de bolas” e criado de mesa no Clube de Lourenço-Marques, frenquentado pela elite colonial. A partir de 1959, descobertas as suas capacidades artísticas, Malangatana envereda por uma carreira de pintor profissional, com o apoio de Augusto Cabral e do arquitecto Miranda Guedes (Pancho), que lhe cedeu a garagem para atelier e lhe adquiria dois quadros por mês, para que se pudesse manter.
Em 1961, Malangatana realiza a sua 1ª exposição individual em Lourenço-Marques, na Associação dos Organismos Económicos. Torna-se frequentador assíduo do Núcleo de Arte de Lourenço-Marques, onde contacta com os artista da época e onde começa a mostrar os seus trabalhos de cariz eminentemente social.
Após o inicio da luta armada em Moçambique, Malangatana junta-se à rede clandestina da FRELIMO, desenvolvendo actividades que levaram a PIDE a afirmar mais tarde que Malangatana servia de cartaz de propaganda política antagónica à linha da administração ultramarina portuguesa, tendo sido preso por duas vezes pela polícia do estate (1966-68).
Em 1971, recebe uma bolsa da Fundação Calouste Gulbenkian, para vir para Lisboa especializar-se em gravura. Trabalhou na Gravura-Sociedade Cooperativa dos Gravadores Portugueses e, em cerâmica, na Fábrica de Cerâmica Viúva Lamego. No mesmo ano, expõe na Livraria Bucholz e na Sociedade Nacional de Belas Artes.
Em 1973 vai à Suiça a convite de amigos, onde tem contactos com diferentes galerias e artistas, que. lhe abrem novos horizontes. Com a independência de Moçambique, Malangatana envolve-se directamente na actividade política, participando em acções de mobilização e alfabetização, sendo enviado para Nampula a fim de organizar as aldeias comunais.
Foi um dos criadores do Museu Nacional de Arte de Moçambique e convidado a criar o Centro de Estudos Culturais, actual Escola Nacional de Artes Visuais. Procurou manter e dinamizar o Núcleo de Arte (associacção que agrupa os artistas plásticos) e criou os núcleos dos artesãos das zonas verdes de Maputo.
Desenvolve intensa actividade no âmbito do Grupo Dinamizador do bairro do Aeroporto, onde reside, e participa em múltiplas actividades cívicas e sociais. Intervém na organização da Escolinha dominical “Vamos Brincar”, promovida pela UNICEF.
Na sequência é convidado para ir à Suécia (1987) participar em actividades similares com crianças suecas e refugiados de diversos paises. Foi um dos criadores do Movimento para a Paz.
Pertence à Direcção da Liga dos Escuteiros de Moçambique (LEMO), e é membro da Direcção da Associacção dos Amigos da Criança.
Foi deputado pela FRELIMO, de 1990 até às primeiras eleições multipartirias, em 1994, a que não foi candidato.
Em 1998 é eleito pela FRELIMO para a Assembleia Municipal de Maputo e em 2003 é nomeado vereador do Município pelo pelouro da Cultura, Desporto e Juventude.
Terminada a guerra civil em 1992, retomou o projecto cultural que impulsionara na sua aldeia de Matalana, surgindo assim a Associação do Centro Cultural de Matalana, de grande valor social e cívico, de que é o actual presidente.
Foi membro do júri para os Cartões de Boas Festas UNICEF, bem como de outros eventos de artes plásticas tanto em Moçambique como no estrangeiro. Vice-Comissário Nacional para a área da Cultura de Moçambique para a EXPO 98, Lisboa, e Hannover 2000, Alemanha.
A sua obra é reconhecida em todo o mundo, participando em múltiplas exposições individuais e colectivas, integrando diversos júris em Moçambique e no estrangeiro bem como participando em múltiplos e diversos workshops. Pintor, ceramista, cantor, actor, dançarino, Malangatana é uma presença assídua em numerosos festivais, afirmando sempre a sua origem africana e moçambicana.
Em 1996 e 2004 publica dois livros de poemas , que reunem a sua obra poética desde os anos sessenta. O ultimo é ilustrado com vinte e quarto desenhos inéditos.
A 6 de Junho de 2006, é homenageado em Matalana por ocasião do seu 70º aniversário, sendo condecorado pelo presidente da República de Moçambique com a Ordem Eduardo Mondlane do 1º Grau, o mais alto galardão do pais, em reconhecimento do trabalho desenvolvido não só nas artes plásticas mas também como o maior embaixador da cultura moçambicana.
Nessa mesma data foi lançada a Fundação Malangatana Ngwenya, com sede em Matalana, sua terra natal. Em 2007, foi condecorado pelo governo francês com a distinção de Comendador das Artes e Letras.
Distinguido “Honoris Causa” pela Universidade Politécnica de Maputo, 2007 2010, Outorgado Honoris Causa pela Universidade de Évora. A sua vida e obra tem sido objecto de vários filmes e documentários.
Está representado em vários Museus, por todo o mundo, bem como, em inúmeras colecções particulares.
